Целью Общества является содействие развитию медицинской деятельности на основе православного вероисповедания и христианской нравственности, интеграция врачей различных специальностей в этом направлении.
Практическими задачами Общества православных врачей являются:

- координация действий братств, сестричеств, обществ, а также отдельных мирян при оказании врачебной помощи бедным и социально-незащищенным слоям населения;
- содействие возрождению благотворительной и социально-медицинской помощи при приходах и монастырях;
- содействие возрождению и созданию храмов в медицинских учреждениях;
- содействие в получении юридической консультации и помощи медикам, попавшим в сложные нравственно-этические ситуации;
- анализ и разрешение юридических проблем, связанных с выполнением поставленных Обществом задач;
- организация системы квалифицированной диагностической, лечебной и профилактической помощи священно-церковнослужителям православных храмов Санкт-Петербурга на базах ЛПУ города, где работают православные врачи;
- консультативная медицинская помощь мирянам членами Общества.
К научно-просветительским задачам Общества православных врачей относятся:

- осмысление проблем современной медицины и биотехнологий в свете учения православной церкви;
- подготовка материалов для вынесения суждений по медицинским вопросам священноначалием Русской Православной Церкви;
- разработка и осуществление современных программ обучения сестер милосердия и врачей основам диаконической деятельности;
- ведение миссионерской деятельности для ознакомления широкой медицинской общественности с основами православного вероучения;
- факультативное преподавание в Духовных школах основ медицинских знаний, полезных будущим пастырям.